Pada 12 November 1821 ketika armada Siam dari Ligor menyerang dan menawan Kedah, Sultan Ahmad Tajuddin Halim Shah II Sultan Kedah ke-22 (1804-1845) telah berundur dari Kedah ke Kota Perai. Baginda telah diselamatkan oleh adindanya Tunku Sulaiman, sebelum mendapatkan perlindungan Inggeris di Pulau Pinang.
Pada tahun 1831, Kampung Kota juga telah dijadikan kubu pertahanan dan markas perjuangan Tunku Sulaiman serta pejuang-pejuang dari Seberang Perai. Dari Kota Perai mereka melancarkan beberapa siri serangan ke atas pendudukan tentera Siam di Kedah. Antara nama-nama yang tokoh yang terlibat dalam serangan tersebut adalah Tunku Sulaiman sendiri, anakandanya Tunku Muhammad dan Tunku Akil, serta anak saudaranya Tunku Safie, kesemua mereka menjadikan Kampung Kota sebagai markas mereka, sementara itu pasukan Tunku Kudin bersama Tunku Abdullah dan Tunku Long Puteh pula menjadikan kawasan Teluk Ayer Tawar sebagai markas kedua pasukan kedah.
Selepas kematian Tunku Sulaiman, Kota Perai kemudiannya ditadbir oleh menantunya, Tunku Mohamad Saad. Beliau juga adalah individu yang bertanggung jawab mengetuai serangan kedua pasukan Kedah terhadap Siam pada tahun 1838. Beliau menyambung perjuangan Tunku Sulaiman dan juga menjadikan Kampung Kota sebagai markas dan tempat berkumpulnya para pengikutnya untuk menyerang Siam di Kota Kuala kedah. Beliau bersama-sama adindanya, Tunku Mohd Taib Puteh merancang strategi untuk menyerang kembali Siam di Kedah. Pada 24 Mac 1838, serangan telah dilancarkan, pasukan Tunku Mohamad Saad menyerang melalui jalan laut, manakala pasukan adindanya menyerang melalui jalan darat.
Serangan mereka pada mulanya berjaya menawan kembali Kota Kuala Kedah, serangan juga diteruskan sehingga ke wilayah Singgora, namun pasukan Kedah telah diasak kembali oleh pasukan Siam dari Ligor menyebabkan mereka terpaksa berundur kembali ke Kota Kuala Kedah. Akhirnya pada 20 Mac 1839 Kota Kuala Kedah telah ditawan semula oleh Siam. Tunku Mohamad Taib cuba mengumpulkan semula tentera Kedah dan melancarkan serangan ke atas siam di Alor Ganu tetapi tidak berjaya. Akhirnya Tunku Mohamad Saad dan Tunku Mohamad Taib berundur ke Seberang Perai, Wan Mohamad Ali berundur ke Langkawi, Tunku Abdullah ke Perlis dan kemudian menyerah diri kepada Gabenor SG Bonham di Pulau Pinang.
Selepas tamat perang pada tahun 1840, Tunku Mohamad Saad telah dijatuhkan hukuman buang negeri oleh Inggeris ke Morshidabat, India. Semasa ketiadaan Tunku Mohamad Saad, Tunku Abdullah anakanda Sultan Ahmad Tajuddin juga pernah tinggah di Kampung Kota, beliau kemudiannya mangkat pada tahun 1844 akibat kecederaan yang dialaminya semasa perang. Tunku Mohamad Saad kemudiannya dibenarkan pulang pada tahun 1843 dan menetap di Kampung Kota sehingga tahun 1846. Beliau kemudian berpindah ke kediaman bondanya di Hutton lane, Pulau Pinang dan mangkat disana pada tahun 1847.
